История разворачивается в 1868 году, когда война наконец оставила позади один из самых неспокойных регионов Японии, изнурённый долгими конфликтами и волнениями. Кеншин Химура, опытный убийца, выживший в этой жестокой бойне, был грозным мастером своего дела. С каждым боем он всё больше осознавал, что оружие в его руках становится продолжением его хладнокровной натуры. Но с окончанием войны завершилась и его эпоха — теперь, в мирное время, Кеншин остаётся один на один с вопросом о своём месте в новой жизни.
Ища способ загладить своё кровавое прошлое, он решает помогать людям, встречающимся на его пути, стараясь искупить свои деяния. Однако кажется, что тени прошлого не намерены так просто отпустить Кеншина — его бывшие грехи идут за ним по пятам, угрожая разрушить всё, что он стремится построить в новой жизни.